審計發現問題整改難是個普遍問題。為什么審計發現問題難以整改，這其中有很多原因，只有了解到原因有哪些才能真正推動審計發現問題的整改。下面列示了審計發現問題整改難的十大原因：
一、問題整改未觸及責任主體的根本利益
很多文章里談到審計發現問題整改難的首要原因是被審計單位重視不夠。其實之所以重視不夠，最底層的原因是問題整改未觸及責任主體的根本利益。如果審計發現問題的整改效果作為干部考核的硬性指標，作為年終績效的參考因素之一，這樣責任主體一定會重視問題的整改。這就叫做“不見棺材不掉淚”、“不見兔子不撒鷹”。經濟組織里，以利益導向來決定行動也在常理之中。
二、問題整改主體責任意識不高
雖然說利益能夠解決很多問題，但責任意識是一種文化，是一種素質，還是一種擔當。責任意識不高有時候跟企業文化有關系，有時候跟制度執行有關系。當有制度不去執行而相安無事，久而久之也就沒有了責任意識。
三、問題整改的責任劃分不清
有時候一個問題涉及兩個以上的責任主體，如果整改責任劃分不清，要么會造成各主體都不去管，要么造成多頭管理反而產生糾紛。如果再加上主體責任意識不強，各方就會開始推諉，使問題始終得不到解決。問題整改責任的劃分是由被審計單位來負責的，牽頭部門需要有更高的權威性，或者有分管領導督導。
四、問題整改的要求與實際有差距
有時候，或者是個別時候，被審計單位也想把問題整改掉，但是條件不允許啊。例如，審計部門查出被審計單位未遵循崗位牽制原則，存在不相容崗位由一人擔任的情況，而實際情況是，由于上級人力部門下達的人力編制有限或人力成本有限，不相容崗位只能有一個人來負責。這種情況就不能要求被審計單位限期分設兩個崗位，而是要通過其他形式來實施控制了。
五、問題整改未建立長效機制
不是所有的審計發現問題都能在短時間完成整改，有的問題可能要持續一年以上。問題整改長效機制是建立在從發現問題到審計報告反饋再到整改通知再到整改驗收以及后續審計的閉環管理流程基礎上。有的審計部門只對上年審計發現問題進行整改追蹤，而對以往年度的發現問題整改追蹤有所松懈。有的審計部門建立了整改臺賬銷號辦法，是可以借鑒的好的經驗。
六、問題整改的督導力度不夠
審計發現問題整改由誰來督導？審計部門有義務進行督導，但問題整改的督導不僅僅是審計部門的責任，合規部門、內控部門、風險管理部門、主責單位的上級部門等都有督導的責任。理論上說，審計發現問題的督導的最終責任不應該是審計部門的事情，但這要看審計部門所在組織的領導的態度以及審計部門自身的職能了。那些審計、合規、監察、紀檢等職能融于一身的部門，會對問題整改有督導的管理責任。
七、問題整改中的問責缺失
審計發現問題的整改最終由人來完成的。如果審計發現問題涉及嚴重的違規行為，就該按問責制度進行問責。板子打得痛了，責任人就長了記性，為了避免下次再犯，就會努力避免同樣的問題再次發生，從而也就會把整改落到實處，也就會從管理制度、流程完善和執行等下手，減少類似問題的發生。
八、問題整改未形成聯動機制
很多時候，問題涉及多個部門，即使劃清了整改責任，由于缺乏聯動機制，整改的效率和效果就會不佳。因此，審計部門或者是合規部門可以督導、建議被審計單位建立問題整改聯動機制，不僅對已發現問題進行整改，還可以對潛在風險或控制缺陷進行聯動排查，使問題整改成為提升管理水平的契機。
九、問題整改中問題具有行業特點
有些問題具有行業內長期存在并被各企業默認的情況，或者屬于“潛規則”。盡管有的企業堅決抵制一些不良行為，例如給合作單位回扣，但是那些企業仍然采取違規作法，導致不公平競爭，從而獲得更高的市場份額。有些行業內的問題，企業的領導只能采取默認的態度，這也造成此類問題很難整改。要想徹底根治此類問題，要么監管部門公平、統一地進行監控和處理，要么企業就放棄該類業務。所以，該類問題的整改就有很大難度。
十、組織領導對問題整改不夠重視
為什么要把組織領導對問題的重視程度放在最后一條？因為正常思維的組織領導都不希望組織通過不合規的行為來獲得發展，也不希望因為違規、舞弊等事件的發生影響組織的業務開展。如果發生非常重大且影響業務發展的問題，組織領導鐵定緊盯著問題的整改以及制度、流程的完善。當然，也可以把這第十條放在第一條，因為組織領導首先要對審計、對審計發現問題整改定個調子。
審計發現問題整改難的原因不止是一條、兩條，可能是多條，還可能是除了以上十條，還有其他原因。審計人員要能正確看待問題的整改情況，因為問題總是辯證的。如果審計人員發現的問題重要性水平越高、越是系統性的，技術上就越難整改；而如果僅僅發現一些雞毛蒜皮的小問題，那就整改容易很多。審計發現問題的整改是一項長期而又艱巨的任務，涉及面廣，觸及面深。審計部門不僅要從外部來分析和尋找督促整改的辦法，也要從內部來審視問題的本身。審計發現問題在審計報告上如何體現和表達出來，如何定義和定性問題，也會從形式上影響到問題整改的結果。