內部控制在提升行政事業單位內部管理水平、規范內部權力運行、促進依法行政、推進廉政建設等方面具有非常重要的作用。通過制度建設、實施措施、執行程序等實現對行政事業單位經濟活動風險的防范和管控。本文對行政事業單位內部控制中的審計要點進行了分析，并提出了相應的措施。
一、單位層面的內控審計
行政事業單位內部控制貫穿單位經濟活動的決策、執行和監督全過程，涵蓋單位的相關業務和事項，實現對經濟活動的全面管控。單位層面內部控制審計，包括建立內部控制建設情況、單位主要負責人承擔內控責任的情況、對權力運行的制約情況、內部控制制度完備情況、不相容崗位和職責分離控制情況、內部控制信息化覆蓋情況等等。
建立內部控制建設情況，需要重點關注：單位應該成立內部控制領導小組，由單位的主要負責人擔任組長，正常開展日常工作，并需明確內部控制的牽頭部門，各部門在內部控制中需聯動。定期針對國家的相關政策、制度進行培訓。結合單位的內部控制目標和業務特點，開展內控風險評估，開展業務流程的梳理。
單位主要負責人承擔內控責任的情況，需要重點關注：單位主要負責人應主持制定內部控制工作方案，定期召開專題會議，對內部控制建立與實施過程中涉及到的部門和人員進行統一的協調。對權力運行的制約情況，需要重點關注：完成對本單位權力結構的梳理和構建，確保決策權、執行權、監督權，相互制約，相互協調，并定期督查決策權、執行權等權力行駛情況，發現問題，予以糾正。
內部控制制度完備情況，需要重點關注：建立預算管理制度、收入管理制度、支出管理制度、政府采購制度、資產管理制度、建設項目管理制度、合同管理制度、決策制度等。不相容崗位和職責分離控制情況，需要重點關注：通過崗位規章制度和崗位職責手冊，對不相容的崗位進行了設計、分離、實施。
內部控制信息化覆蓋情況，需要重點關注：內部控制的信息系統應包含預算管理、收支管理、政府采購管理、資產管理、項目管理、合同管理等方面業務。
二、業務層面的內控審計
業務層面的內部控制，是內控具體的實施，是各種控制措施和要求的集成，為達到目標而由不同的崗位分別共同完成一系列活動，活動的先后順序，內容、責任必須有明確的界定。業務層面內部控制審計，包括預算管理情況、收支管理情況、政府采購管理情況、資產管理情況、項目管理情況、合同管理情況等等。
預算管理情況，需要重點關注：單位的財務部門，應該根據財政批復的預算和內部業務部門提出的需求，將預算指標進行分解，經過審批后下達至各部門。執行過程中，監督是否按照批復的額度和開支范圍執行預算，決算編制真實、準確、及時。
收支管理情況，需要重點關注：收入實行歸口管理和票據控制；支出實行歸口管理和分類控制；舉債實行集體決策，定期對賬。
政府采購管理情況，需要重點關注：本單位采購的貨物、服務、工程應該嚴格按照政府采購規定執行，積極落實采購政策。
資產管理情況，需要重點關注：對資產定期核查盤點、跟蹤管理；按照法定程序和權限，使用和處置資產。
項目管理情況，需要重點關注：按照概算投資，嚴格履行審核審批程序，建立有效的招投標控制機制，按規定保存建設項目相關檔案并及時辦理移交手續。
合同管理情況，需要重點關注：對合同文本進行嚴格審核，并由合同歸口管理部門統一管理；加強合同履行的控制。
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