國家稅務總局***市**區稅務局：
我單位20**年1月至12月申報增值稅收入為*****元，20**年1月至12月申報企業所得稅年度銷售收入*****萬元，相差***萬元，經過我單位自查，由以下事項產生的：
一、收到個稅手續費返還形成差異
我單位20**年*月收到稅務機關返還的個稅手續費****萬元。
1.增值稅
我單位收到稅務機關返還的個稅手續費，按要求適用稅率繳納增值稅，計入增值稅申報表收入****萬元(換算成不含稅)。
2.企業所得稅
我單位收到稅務機關返還的個稅手續費時，計入其他收益科目****萬元，不需要計入營業收入。
3.差異說明
按照上述說明，形成了增值稅申報表收入和企業所得稅申報表收入差異****萬元。
備注：該類差異會計處理科目的差異，再比如銷售自己使用過的固定資產、銷售方收到違約金(增值稅按照收入核算)、財政補貼及金融商品轉讓業務，也屬于該類差異。
【補充案例】某資產管理公司作為資產管理人，2020年度共管理8個資管產品項目，收取管理費3000 萬元。根據增值稅相關規定，自2020 年1 月1 日起，資管產品管理人運營資管產品過程中發生的增值稅應稅行為，按照3%的征收率繳納增值稅。該資產管理公司運營管理的資管產品發生增值稅應稅行為，增值稅應稅收入3.09億元，開具了發票，按3%的征收率計算繳納增值稅900 萬元。
由于資產管理公司與資管產品屬于不同的主體，資產管理公司運營管理資管產品實現的收入歸屬于資管產品，不歸屬于資產管理公司;資產管理公司因運營管理資管產品而收取的管理費收入歸屬于資產管理公司，屬于資產管理公司的收入。因此資產管理公司應將2018 年度因運營管理資管產品而取得的3000 萬元管理費收入計入自身收入，不需將其管理的資管產品實現的3.09億收入計入自身收入。
二、收到房租形成差異
我單位對外出租房屋，租賃期2020年7月1日至2024年6月30日，每月租金30萬元(不含增值稅，下同)，于2020年6月預收到2020年7月1日-2022年6月30日兩年房租720萬元，并開具增值稅發票。(備注：先要簡單描述事情)
1.增值稅
根據《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號)文件規定，納稅人發生應稅行為并收訖銷售款項或者取得索取銷售款項憑據的當天;先開具發票的，為開具發票的當天。納稅人提供租賃服務采取預收款方式的，其納稅義務發生時間為收到預收款當天。我單位2020年6月確認增值稅收入720萬元。
2.企業所得稅
根據《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》(國稅函〔2010〕79號)規定，如果交易合同或協議中規定租賃期限跨年度，且租金提前一次性支付的，應當按照收入與費用配比原則，出租人在租賃期內分期均勻計入相關年度收入。我單位于2020年度確認該項房租收入180萬元(6個月×30萬元/月)。
3.差異說明
按照上述說明，形成了增值稅申報表收入和企業所得稅申報表收入差異540萬元。
(備注：該類差異納稅義務發生時間等政策差異，再比如先賣后買提前開票、視同銷售等差異，也屬于該類差異。)
****有限責任公司
20**年*月*日
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一些特定的業務，在收入的確認上，增值稅和企業所得稅的處理是不一樣的，會導致兩個稅種收入產生差異。但不可否認的是，這兩個稅種的收入還是有很強的關聯性的，所以稅務機關金三系統的數據比對，肯定會比對這兩個數字。
有些稅務人員一看見比對不一致，就認為企業一定有少繳稅的問題，強行要求將企業補繳稅款。而有些財務人員，可能是賬目不清楚，也可能是為了息事寧人，就糊里糊涂補了稅。
這些做法都是不可取的。
正確的做法是：稅務人員可以要求企業對兩稅收入不一致做出解釋，不要一口認定企業少繳稅。而企業財務人員也能根據賬目記載，將差異問題一一解釋清楚。
上述就是某企業的解釋文案，寫得清楚條理，值得參考。