專項審計是審計人員對被審單位特定事項進行的審核、稽查。如： 對企業的審計，只審查企業經濟活動，如是否偷稅、漏稅。現金業務是否符合現金管理規定，某項經營是否合法、有效等等。專項審計如能與資金平衡表審計或詳細審計配合，可以收到更好的效果。
通常情況下，專項審計包含離任審計、清算審計、改制審計、司法鑒定審計、財產轉移審計、貸款審計、移民審計、年檢審計、高新技術企業認定審計等。因此，籠統地講，專項審計是對某種特定審計項目的總稱專項審計。具體說明如下：
（1）離任審計。離任審計是指審計人員對法定代表人整個任職期間經濟責任履行情況所進行的審查、鑒證和總體評價，其是考核責任人任職期間的業績，明確劃分前后任經濟責任的有效方法。
（2）清算審計。清算審計是指企業由于各種原因終止，對其清算期間的債權債務清償情況、資產變現情況、 清算期間的收益、損失、費用支出情況及清算截止日凈資產分配情況進行的審計，以確認清算企業是否合法、公開、公正進行全部清算活動，并對清算結果發表合法、公允的審計意見。
（3）改制審計。改制審計是指全民所有制企業或集體所有制企業改變其所有權性質，通常是在變更為按《公司法》設立的有限責任公司中需要進行的審計。其具體包括初始投資認定審計、財產損失認定審計、財務狀況認定審計。該審計報告可提供給財政局、工商局、企業上級單位等相關部門。
（4）司法鑒定審計。其是指在訴訟中接受法院、檢察院、公安機關或當事人的委托，對涉及訴訟經濟事項的事實、形成過程、原因及結果進行的專項審計。通常我們對這種審計實施特殊的審計程序，其結果具備法律效力。
（5）財產轉移審計。財產轉移審計對股東投入到公司的實物資產是否已移交給公司、是否已登記入賬、并辦理了相關財產轉移手續進行的一種專項審計。該審計報告通常是提供給工商局辦理登記的必要文件。
（6）貸款審計。貸款審計提供給銀行，作為審查企業是否具備銀行要求的貸款條件，以及對貸款使用情況進行的專項審計。在審計報告中不僅會對會計報表發表審計意見，同時也對企業經營管理狀況、財務狀況、貸款使用情況等發表意見。是銀行規避貸款風險，企業展示經營狀況必不可少的依據。