藥品零售行業是指從事將購進藥品直接銷售給消費者的經營活動的行業。按經營模式劃分，藥品零售企業分為藥品零售連鎖企業的門店和單體（獨立）零售藥店。
藥品零售連鎖企業，是指經營同類藥品、使用統一商號的若干個門店，在同一總部的管理下，采取統一采購配送、統一質量標準、采購同銷售分離、實行規模化管理經營的組織形式，是法人企業，由總部、配送中心和若干個門店構成，總部是連鎖企業經營管理的核心，配送中心是連鎖企業的物流機構，門店是連鎖企業的基礎，承擔日常零售業務。
跨地域開辦時可設立分部，一般分為直營連鎖和加盟連鎖兩種形式；單體（獨立）零售藥店是我國藥品零售企業最基本的經營模式，一般經營規模不大，獨立藥店具備單設的藥品庫房和財物核算系統，主要以靈活經營、開展便民服務的模式見長。
（一）連鎖藥店掛靠現象嚴重，監管難度較大。
由于零售藥店必須取得《藥品經營許可證》和通過GSP認證方可從事藥品零售業務，因此部分規模較小、實力較弱、難以取得《藥品經營許可證》或通過GSP認證的藥店，則通過掛靠的形式加盟藥品零售連鎖企業，成為連鎖企業的分支機構，從而取得藥品零售資格。
總機構一般未將掛靠企業納入“四統一”管理，主要管理模式有以下兩種：
一是收取管理費，控制掛靠企業的購貨渠道，即掛靠企業大部分藥品必須通過總機構購入；
二是總機構只收取管理費，對掛靠企業的經營活動不加以約束，掛靠企業擁有完全的自主經營權。對于掛靠企業，難以通過總機構對其經營活動進行監管。
（二）收入結算形式多樣，缺乏資金監控。
藥品零售企業的收入有移動支付、銀行卡、醫保卡等結算方式。一般而言，醫?？ū壤钪?，移動支付次之，銀聯卡份額較少。在移動支付收款方面，存在部分納稅人將其存入以個人名義開立的銀行賬戶或直接坐支的現象。對于通過銀行卡、醫保結算的部分，無法直接獲取相關數據，而是需要通過第三方取得，導致稅務機關對納稅人資金變動情況難以及時全面掌握。
（三）發票使用面低，不易以票控稅。
藥品零售企業的銷售對象是最終消費者，索取發票的意識薄弱，因此部分零售企業利用內部提貨單或醫保結算單代替發票使用，削弱了稅務機關以票控稅的力度。部分企業在填開發票時，商品的品名、數量、單價填寫不規范，甚至隨意加以變更，發票內容無法真實反映企業的經營活動。
（四）核算不健全，不利于稅源監控。
由于現金交易和消費者不索取發票的現象普遍存在，為藥品零售企業購進不入賬、銷售不做賬、截留收入不申報創造了條件。
因此，盡管藥品零售企業按照GSP認證的規定安裝了核算軟件，但部分企業僅在藥監局檢查之前，按照檢查要求突擊采購藥品并在軟件中予以核算，日常銷售根本不通過該軟件核算或僅將部分藥品通過該軟件核算。
其他大部分藥品及非藥品種的核算游離于該軟件以外，對未通過GSP系統核算的部分，企業一般設置賬外賬進行管理，甚至有的企業對通過GSP核算的部分也不按規定進行申報，稅務機關檢查時往往以系統崩潰、數據丟失等理由不提供GSP系統的數據。由于稅務機關缺乏有效方法對其進行核實，稅款流失情況比較嚴重。
（五）經營品種繁多，不便庫存核實。
藥品零售企業經營品種成百上千，雖然藥監局要求各藥店建立GSP系統來核算藥品的購銷存情況，但現有藥店除了經營藥品外還經營保健品等非藥商品，非藥商品不在藥監局監管檢查范圍內的，企業可以不錄入GSP系統，且GSP系統由企業自行購買或委托開發，企業錄入、修改數據的隨意性大，因此稅務機關通過GSP系統掌握藥店真實購銷存情況的難度較大。
由于醫保部門對醫保卡刷卡消費的品種存在限制，醫保定點藥店在銷售非醫保藥品用醫?？ńY算時，在醫保結算系統中會變換品名和數量（實際銷售品名和數量用GSP系統或真實反映其購銷存情況的系統控制），所以醫保結算系統中也無法核實企業真實的銷售品種、數量，而只能對銷售金額進行控制。由于購銷存數量難以核定，對企業由于過期、變質、破損、丟失等非正常原因造成損失需作進項稅額轉出的計稅基數也難以核實。
（六）返利、促銷、出租柜臺等業務涉稅處理不規范。
部分藥品零售企業由于年購貨量大，年終可以從供應商取得返利，返利形式分為實物返利或現金返利。部分企業在收到返利時，既不做賬務處理也不做進項稅額轉出，或是把返利收入掛往來賬，再通過其他名目轉出。
藥品零售企業為了吸引消費者，會采用一定的促銷手段，包括會員積分換禮、買贈等，促銷的商品有的是供應商提供，有的是藥店自行負擔，發生的費用一般作為銷售費用列支，增值稅未按視同銷售計提銷項稅。藥店里出租柜臺或是允許供應商在店內做推廣收取的租金或是宣傳費用不入賬或是長期掛往來賬。
二、醫藥零售業增值稅涉稅風險分析方法
（一）利用外部信息測算增值稅應稅收入
根據醫藥零售行業增值稅應稅收入特點，醫藥零售行業銷售貨物的收款方式基本上都是直接收款，其納稅義務發生時間為收到銷售款項或者取得索取銷售款憑證的當天。具體收款方式可分為醫?？▌澷~、移動支付及銀行卡收款三種，現金收款屬于已收到銷售款項，而醫?？▌澷~、銀行卡劃賬應屬于取得索取銷售款憑證行為。
根據該行業這一普遍特征，稅務機關可以通過納稅人收款和索取銷售款憑證口徑測算增值稅應稅銷售收入控制數和評估期銷售收入差異值這兩個主體指標，同時參考現金收款占醫?？▌澷~金額百分比這一輔助指標，從而確定納稅人現金銷售收入部分的合理范圍，對納稅人現金銷售部分收入加以進一步評估確認。
增值稅應稅銷售收入控制數≥（醫?？▌澷~金額+移動支付收款金額+評估期銀行卡收款金額-免稅貨物銷售收入）÷（1+應稅銷售收入適用增值稅率或征收率）
銷售收入差異值=增值稅應稅銷售收入控制數-增值稅應稅銷售收入申報數
移動支付收款金額占醫?？▌澷~金額百分比=調查期現金收款金額÷調查期醫保卡劃賬金額×100%（標準值系數）
移動支付銷售收入（按占醫保卡劃賬金額比例測算）=醫?？▌澷~金額×移動支付收款金額占醫保卡劃賬金額比例（標準值系數）÷（1+應稅銷售收入適用增值稅率或征收率）
標準值系數參考范圍：可以根據對樣本企業的分析，推算移動支付收款占醫?？▌澷~金額及移動支付收款占總收款金額的情況。
（二）利用銷售毛利率和持續經營所需必要費用測算增值稅應稅收入
毛利是指商業企業銷售收入與銷售成本的差額，毛利率是毛利額與商業企業經營收入的比率。毛利率法就是通過毛利率指標測算企業應稅銷售收入，并與企業申報信息進行對比分析的一種方法。部分從事藥品零售的增值稅納稅人，由于其經營規模較小且無醫保定點藥店資格，財務核算制度也不健全，稅務機關很難通過醫保定點納稅人評估期增值稅應稅收入控制公式確定其增值稅應稅收入。
此類藥店經營多年、長虧不倒，鑒于納稅人持續經營的前提是保本，所以通過對其持續經營所需必要費用的核實，根據盈虧平衡點理論核實其增值稅應稅收入控制數是一種較為有效的方法。基于以上理論，評估期藥品零售毛利應該大于等于評估期持續經營所需必要費用。
增值稅應稅收入控制數（非醫保定點納稅人）≥藥品零售毛利額（持續經營所需必要費用）÷藥品零售行業平均銷售毛利率（區間數）
藥品零售毛利額（采用進價核算）=本期購進商品金額×毛利率-（期末庫存商品金額-期初庫存商品金額）×毛利率
藥品零售毛利額（采用售價核算）=本期購進商品金額÷（1-毛利率）×毛利率-（期末庫存商品金額-期初庫存商品金額）
藥品零售毛利額(核算不健全)≥持續經營所需必要費用
標準值參考范圍：根據對樣本企業的分析，測算藥品零售行業平均銷售毛利率。
（三）利用GSP系統測算增值稅應稅銷售收入
GSP系統是所有藥品零售企業必須使用的系統，藥監局規定藥品的購銷存需通過該系統進行核算。規范化藥品零售企業銷售全部商品（藥品和非藥品）的購銷存，包括供貨單位、采購數量、采購單價、銷售數量、銷售單價、報廢等情況均在GSP系統中予以反映。不規范的企業則根據藥監局的檢查要求，將銷售部分商品的購銷存情況在該系統中加以反映，其余商品的購銷存則采用另外的方法控制核算。
增值稅應稅收入+增值稅免稅收入≥GSP系統內的銷售收入
三、案例解析
××大藥房連鎖有限公司港灣分店，該企業于2015年4月8日注冊稅務登記，注冊性質為商業企業（藥品零售）。該企業非“四統一”分支機構，系增值稅小規模納稅人，屬于掛靠企業。通過對納稅人2023年1—6月的醫保結算單、銀行往來清單、社會保障卡交易系統POS機、銀行卡POS機刷卡記錄、發票開具情況以及出入庫單、移動支付流水賬等情況進行詳細核實，具體情況如下：
1.發票使用情況核查比對：經過檢查所開具發票與門店收銀機、銀行卡POS機逐一核對，發現有部分移動支付收入未申報納稅，不含稅金額為57812.40元。
2.會計核算方面：購進及銷售明細賬清晰，交易資金主要以銀行結算為主，大規模的現金交易暫可排除。
3.賬外經營及隱瞞銷售收入現象：通過查看社保局的醫?？ńY算回單，發現醫?？ㄊ杖肱c申報收入相差甚遠，確實存在少報銷售收入現象，少報不含稅銷售收入150.77萬元。
涉稅處理：（1）將2023年1—6月醫療保險卡結算信息與納稅人所屬期申報信息進行比對，發現該納稅人不同程度地存在隱匿銷售收入問題。該戶申報的銷售收入小于醫?？ㄤN售收入150.77萬元（不含稅），另有部分現金銷售收入5.78萬元（不含稅）企業未進行申報納稅，合計少申報銷售收入156.55萬元（不含稅）。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十九條相關規定：應補申報增值稅銷售收入為156.55萬元，按照征收率1%，補繳增值稅1.57萬元，同時補繳相應的附加稅，并按規定加收滯納金。因連續12個月銷售收入已超過增值稅一般納稅人標準，已責令該企業辦理增值稅一般納稅人認定手續。
(2）根據門面租金、人員工資、水電費等估算該企業持續經營所需必要費用1—6月約42.5萬元，銷售毛利率約25%，根據毛利估算銷售收入：42.5/25%≈170（萬元）。