某公司為增值稅一般納稅人，有增值稅留底100萬元，按照現(xiàn)行政策該公司辦理了退稅100萬元，而該公司緊接著在下個征期有銷項稅100萬，在不留抵退稅的情況下，銷項減進項后增值稅為0，也就不用繳納增值稅，相應也不需要繳納附加稅費。但因為該公司將增值稅留底的100萬辦理了退稅，相應當期進項為0，相應要繳納增值稅100萬，是否意味著要按照100萬計算繳納附加稅費呢？附加稅費是以應納增值稅為計稅依據(jù)，如果不辦理退稅，納稅人應繳納的增值稅為0，如果辦理了留抵退稅，反而多出了附加稅費，顯然不符合稅法的規(guī)定，如果解決這一問題？
《財政部 稅務總局關于增值稅期末留抵退稅有關城市維護建設稅教育費附加和地方教育附加政策的通知》(財稅〔2018〕80號)規(guī)定，對實行增值稅期末留抵退稅的企業(yè)，允許其從城市維護建設稅、教育費附加和地方教育附加的計稅(征)依據(jù)中扣除退還的增值稅稅額。即企業(yè)在前期享受了增值稅留抵退稅政策，后期在計算城建稅及附加費的計稅依據(jù)時，可以從實際繳納的增值稅中扣除已經退還的的留抵稅額。并且《國家稅務總局關于城市維護建設稅征收管理有關事項的公告》（國家稅務總局公告2021年第26號）進一步明確：納稅人自收到留抵退稅額之日起，應當在下一個納稅申報期從城建稅計稅依據(jù)中扣除。留抵退稅額僅允許在按照增值稅一般計稅方法確定的城建稅計稅依據(jù)中扣除。當期未扣除完的余額，在以后納稅申報期按規(guī)定繼續(xù)扣除。教育費附加和地方教育費附加同城建稅一樣處理。因此，該公司雖然應繳納增值稅100萬，但并不需要繳納附加稅費。
提醒：在稅務系統(tǒng)中，納稅人繳納了增值稅，但并未隨之相應附征附加稅費，又有可能會出現(xiàn)稅收風險提示，需要納稅人作好解釋工作。