納稅人按規定預繳土地增值稅后，清算補繳的土地增值稅，在主管稅務機關規定的期限內補繳的，不加收滯納金。
1.年度匯算清繳和項目清算的差異(執行的政策不同)
房地產企業所得稅是按年就企業整個年度全部所得納稅，因此，需要按年度進行匯算清繳。年度內企業有所得就納稅，有虧損不納稅，今后年度實現的所得可以按規定彌補以前年度虧損。對于有完工前開發產品預售收入的企業，其預售收入也要按規定的預計毛利率預計毛利額計入當期應納稅所得額繳納年度房地產企業所得稅，而不是預繳稅款。
土地增值稅實行的是項目單位清算，清算之前屬于預繳稅款。當開發項目達到國家稅務總局關于印發《土地增值稅清算管理規程》的通知（國稅發[2009]91號）規定清算條件時，再進行清算。清算時，將清算項目的各年度收入全部匯總，減除該清算項目全部扣除項目金額后，按規定計算土地增值稅。計算全部項目應繳納的土地增值稅后，再減除原來各年度預繳的土地增值稅，多退少補。
2.成本核算對象與清算項目的差異
土地增值稅清算時，按項目單位進行清算。《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）規定，土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。
房地產企業所得稅對開發產品成本核算時，不是按清算單位進行核算，而是要按六項原則劃分成本對象進行核算。國家稅務總局關于印發《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》的通知（國稅發[2009]31號）第第二十六條規定，計稅成本對象的確定原則有：可否銷售原則、分類歸集原則、功能區分原則、定價差異原則、成本差異原則和權益區分原則。成本對象由企業在開工之前合理確定，并報主管稅務機關備案。成本對象一經確定，不能隨意更改或相互混淆，如確需改變成本對象的，應征得主管稅務機關同意。
3.共同成本間接成本計算分攤方法差異
企業所得稅法規定，共同成本和不能分清負擔對象的間接成本，應按受益的原則和配比的原則分配至各成本對象，具體分配方法有占地面積法、建筑面積法、直接成本法和預算造價法。其中，土地成本一般按占地面積法進行分配；單獨作為過渡性成本對象核算的公共配套設施開發成本，應按建筑面積法進行分配；借款費用按直接成本法或按預算造價法進行分配；其他成本項目的分配法由企業自行確定。
而在土地增值稅項目清算時，對于清算單位共同負擔的扣除項目分攤方法相對簡單，且可由納稅人自行選擇。《土地增值稅暫行條例實施細則》第九條規定，納稅人成片受讓土地使用權后，分期分批開發、轉讓房地產的，其扣除項目金額的確定，可按轉讓土地使用權的面積占總面積的比例計算分攤，或按建筑面積計算分攤，也可按稅務機關確認的其他方式計算分攤。國稅發[2006]187號規定，屬于多個房地產項目共同的成本費用，應按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。因此，在主管稅務機關沒有特別規定的情況下，納稅人可以選擇任一種有利的扣除項目分攤方法。
4.項目營銷設施建造費用的差異
在房地產企業所得稅計算時，企業營銷設施的建造費計入開發成本中的開發間接費用。國稅發[2009]31號第二十七條規定，開發間接費，指企業為直接組織和管理開發項目所發生的，且不能將其歸屬于特定成本對象的成本費用性支出。主要包括管理人員工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、工程管理費、周轉房攤銷以及項目營銷設施建造費等。而在計算土地增值稅時，項目營銷設施建造費應作為銷售費用處理，不計入開發成本中，不允許作為加計扣除的基數。《土地增值稅暫行條例實施細則》第七條關于扣除項目中的開發成本中規定，開發間接費用，是指直接組織、管理開發項目發生的費用，包括工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、周轉房攤銷等。
5.配套設施的地下停車場所成本的差異
屬于配套設施的地下停車場所，在計算房地產企業所得稅時，其成本由地上開發產品承擔。國稅發[2009]31號第三十三條規定，企業單獨建造的停車場所，應作為成本對象單獨核算。利用地下基礎設施形成的停車場所，作為公共配套設施進行處理。按此規定，作為配套設施的停車場所，其成本經二次分配給地上開發產品后，其成本為零。
土地增值稅清算時，作為配套設施的停車場所，轉讓時，其成本可以扣除；不轉讓時，其成本不得計算為扣除項目。國稅函〔2010〕220號第三條第（二）項同時規定，房地產開發企業將開發的部分房地產轉為企業自用或用于出租等商業用途時，如果產權未發生轉移，不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。該文第四條第（三）項規定，房地產開發企業開發建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）、物業管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫院、郵電通訊等公共設施，按以下原則處理：建成后產權屬于全體業主所有的，其成本、費用可以扣除；建成后無償移交給政府、公用事業單位用于非營利性社會公共事業的，其成本、費用可以扣除；建成后有償轉讓的，應計算收入，并準予扣除成本、費用。
6.借款利息費用分攤計算的差異
在計算房地產企業所得稅時，為建造開發產品發生的借款利息費用，其資本化部分應按規定計入開發計稅成本。而在土地增值稅項目清算時，利息費用不得計入扣除項目中的開發成本中，應調整作為財務費用中的利息費用處理。《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）第三條第（四）項規定，土地增值稅清算時，已經計入房地產開發成本的利息支出，應調整至財務費用中計算扣除。
7.期間費用與開發費用的差異
企業每年度實際發生的管理費用、財務費用和銷售費用等期間費用，允許按稅法規定據實稅前扣除。但在土地增值稅清算時，由于清算項目一般是跨年度的，其開發費用（與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用、財務費用）不再按年度匯總計算，而是按照一定方法和比例計算扣除。國稅函〔2010〕220號第三條就房地產開發費用的扣除問題規定：（一）財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，在按照“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的5%以內計算扣除。（二）凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用在按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10%以內計算扣除。
8.預提費用的差異
房地產企業所得稅匯算清繳時，可以按規定預提三項費用。國稅發[2009]31號第三十二條規定，出包工程未最終辦理結算而未取得全額發票的，在證明資料充分的前提下，其發票不足金額可以預提，但最高不得超過合同總金額的10％；公共配套設施尚未建造或尚未完工的，可按預算造價合理預提建造費用；應向政府上交但尚未上交的報批報建費用、物業完善費用可以按規定預提。而國稅發[2006]187號第四條第（四）項規定，房地產開發企業的預提費用，除另有規定外，不得扣除。
9、土地閑置費在企業所得稅和土地增值稅稅前扣除差異
《國家稅務總局關于印發〈房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法〉的通知》（國稅發[2009]31號）第二十七條規定，開發產品計稅成本支出的內容如下：
（一）土地征用費及拆遷補償費。指為取得土地開發使用權（或開發權）而發生的各項費用，主要包括土地買價或出讓金、大市政配套費、契稅、耕地占用稅、土地使用費、土地閑置費、土地變更用途和超面積補交的地價及相關稅費、拆遷補償支出、安置及動遷支出、回遷房建造支出、農作物補償費、危房補償費等。
《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）第四條規定，房地產開發企業逾期開發繳納的土地閑置費不得扣除。
根據上述規定，土地閑置費可以作為開發成本在企業所得稅前據實扣除，但不能在土地增值稅前扣除。
房地產企業所得稅與土地增值稅除上述主要差異外，還存在其他微小的區別。